離職期間が長いと就職には不利？

入職経路が転職成果にもたらす効果
このため、我々は、転職者の動向に注目し、 特に、労働移動の仲介役を担う入職経路の働きに注目した。 ... この場合の労働市場成果としては、再就職に要する期間(離職期間)と転職前. 後の賃金変化率を用いた。 ...
http://www.rieti.go.jp/jp/publications/dp/04j035.pdf

地元採用のはずが、本社採用に急に変更。
それに伴う減給は合法ですか？
私の妹は最近転職し、今はその会社の本社で勤務しています。
一時的な本社勤務が終わった後は、地元に帰ってきて働く予定でした。
それが急に事情が変わり、このまま最低数年本社勤務しないかと言われているそうです。
会社としては、仕事の実力が身につくまで地元ではなく本社で勤務してほしいそうです。
しかし、本社勤務になると、地方手当（手取りの2割ほど）が付かなくなるため、年額で言えば数十万単位の減給です。
この配属換えによって、給与が下がると言うことは合法なのでしょうか？
労働者として受け入れざるをえないことでしょうか？
それとも、会社に対し交渉の余地があるものでしょうか？
私の推測ですが、妹が当初の見込みより能力不足というか会社が望む職務につけさせるには妹の適正がやや異なるため本社で再教育という話になったのでは？
と思っています。
（本社での勤務は紆余曲折あり、スムーズには進んでいないです）しかし、妹は職務経験、持っている資格等、採用時に正直に申告し地元配属という条件も、最初から呈示されていたものです。
ですので配属換え→結果的に減給、というのは納得できないようです。
あるいは、会社のことを悪く見るならば当初から本社勤務の可能性が濃厚であったにも関わらず、地元勤務＆地方手当をつける条件を提示して書面上、雇用条件をよく見せていたのかな、とも思います。
（他の人は当初の予定通り地元勤務になったそうですが。。。
）また、家賃や引っ越し等で費用が発生する部分も会社に負担をお願いする権利はあるのでしょうか？
家賃補助は基本的にない給与形態なのですが当初、地元配属だったのに、会社命令で本社勤務になるということは、それくらいの保障をしてもらって然るべきと私は思っています。
・転勤に伴う減給は受け入れるべきか・転居に伴う負担増を会社に負担してもらえるか儲かっている会社であれば、従業員を手厚く保護してくれるでしょうがそうでなければ、従業員の負担が重くなる、それだけのことだと思います。
ただ、一般的な基準としてはどうなのでしょうか？
転職したばかりで、弱い立場なのですが、だからといって雇用条件が悪化することをすんなり受け入れることはないと思います。
妹はこれから会社に対し交渉に入るのですが（本社勤務は断り、地元勤務したい旨、伝えるようです）少しでも妹の力になりたいです。
ご回答お願い致します。